Nowy Sącz został lokowany 8 listopada 1292 przez króla Wacława II. Miasto zawdzięczało szybki rozwój licznym przywilejom oraz położeniu na szlaku handlowym na Węgry. W XIV wieku, za panowania Kazimierza Wielkiego, wybudowany został zamek i mury obronne. W zamku sądeckim odbywały się liczne spotkania polskich władców z władcami innych narodów. W 1409 król Władysław Jagiełło oraz książę litewski Witold układali tutaj plany wojny z zakonem krzyżackim. W średniowieczu miasto kilkakrotnie nawiedzały powodzie, pożary oraz epidemie, co częściowo zahamowało jego rozwój.

13 grudnia 1655 mieszczenie sądeccy pod dowództwem braci Wąsowiczów uwolnili miasto (jako pierwsze w Rzeczypospolitej) od najeźdźców szwedzkich. W 1683 r. miasto odwiedził powracający do kraju po zwycięskiej bitwie pod Wiedniem Jan III Sobieski.

Od 1772 roku w wyniku I rozbioru Polski Nowy Sącz znalazł się w granicach Austrii. W 1876 r. utworzono C.K. Warsztaty Kolejowe, a rok później oddano do użytku sądecki odcinek kolei tarnowsko-leluchowskiej. W 1889 r. Nowy Sącz stał się gminą miejską. Podczas I wojny światowej w l.1914-1915 r. miasto przejściowo okupowali Rosjanie. Wyzwolone zostało w 1918 roku.

6 września 1939 Nowy Sącz został zajęty przez wojska niemieckie. W latach okupacji niemieckiej przez Nowy Sącz prowadziły szlaki przerzutu żołnierzy na Węgry do organizowanej we Francji a potem Anglii armii polskiej. 20 stycznia 1945 r. po trzydniowych walkach do miasta wkroczyły jednostki 38 Armii gen. płk. Kiryła Moskalenki. Za bohaterską postawę w czasie wojny w 1946 r. miasto odznaczone zostało Orderem Krzyża Grunwaldu III klasy.

W 1951 r. Nowy Sącz został uznany za miasto na prawach powiatu. W latach 1975-1998 był stolicą województwa nowosądeckiego. W wyniku reformy administracyjnej od 1 stycznia 1999 r. Nowy Sącz jest powiatem grodzkim, będąc jednocześnie siedzibą powiatu nowosądeckiego ziemskiego.